Het Novum Saeculum Lyceum zal een medezeggenschapsraad (MR) inrichten. De MR wordt gevormd door een personeelsgeleding, een oudergeleding en leerlingen. Over alle aangelegenheden die de school betreffen kan de MR voorstellen doen en standpunten kenbaar maken aan de schoolleiding. Op een aantal vlakken heeft de MR, vanuit de Wet Medezeggenschap op scholen, advies-, informatie- of instemmingsrecht.

De MR moet een medezeggenschapsreglement (art. 23 Wms) en een medezeggenschapsstatuut (art. 21 Wms) vaststellen. Hierin zijn zaken vastgelegd die belangrijk zijn voor het goed functioneren van de MR (art. 24 Wms). De MR kan instemmen of adviseren over het schoolreglement, de klachtenregeling of wijziging in het lesrooster en vakantieregelingen of het benoemingsbeleid en andere voorkomende zaken die ter sprake komen. De MR kan ook op advies van de ouderraad en de leerlingenraad de vragen stellen. De MR voert periodiek overleg met de schoolleiding. Ook heeft de MR het recht om een nieuwe lid voor te dragen.

De vergaderingen van de MR zijn openbaar, tenzij over individuele personen wordt gesproken of over zaken van vertrouwelijke aard. De gang van zaken in de MR en de verhouding met de schoolleiding zijn vastgelegd in een MR-reglement.